Samsø har fem middelalderkirker og to nyere kirker, der er opført i 1900-tallet (Ørby og Langøre).
De middelalderlige kirker er indbegrebet af “Typiske danske landsbykirker“: Hvide kirker med rødt tag. De fem er alle opførte i 1200-tallet men ombyggede i 1400-tallet til gotiske langhuskirker med hvælv og kamtakkede tårne. De vidner om, at Samsø har været et forholdsvist rigt område, idet de har meget fornemt inventar, som på trods af et tilsyneladende fællespræg gør dem vidt forskellige. Og så er de i modsætning til mange andre kirker åbne for besøgende!
Tranebjerg Kirke er øens hovedkirke med et af Danmarks største landsbykirketårne og en af de få bevarede tiendelader til venstre.
Nordby Kirke blev af Chr. X kaldt Samsøs Domkirke. Det er en lang kirke, hvis spinkle tårn minder om Djurslands kirketårne. Kirken ligger ensomt da et par landsbyer er forsvundet.
Onsbjerg kirke kaldes også “Helligkors Kirke” på grund af forgyldt 1200-tals krucifiks, som blev fundet på et opskyllet kvindelig på stranden. Kirken er rigt udstyret med bl.a. 6 epitafier.
Besser Kirke ligger også på landet men midt mellem sognets landsbyer. Også den rummer fint inventar, bl.a. en fornem renæssancelysekrone med en enhjørning.
Kolby Kirke har en sjældenhed: En katolsk prædikestol eller et lektorium i den nordlige triumfvæg. Den blev opdaget ved en restaurering.